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  琼脂和琼脂糖是实验室中常见的两种多糖类试剂，尽管称号类似，且在特定情况下或许被误用或暂时代替

  琼脂和琼脂糖是实验室中常见的两种多糖类试剂，尽管称号类似，且在特定情况下或许被误用或暂时代替，但两者在成分、纯度和运用上存在本质差异。

  1.成分差异：琼脂是一种天然混合物，首要由琼脂糖和琼脂果胶两种成分组成。琼脂糖是一种线性的中性多糖聚合物，其根本重复单元由1,3衔接的β-D-半乳吡喃糖和1,4衔接的3,6-脱水-α-L-半乳吡喃糖替换构成，能构成规矩的三维网状凝胶结构。而琼脂果胶则是含有硫酸酯、丙酮酸等带电基团和糖醛酸的杂乱多糖混合物，杂质成分较多。

  2.纯度与性质差异：琼脂是未经过高度纯化的天然提取物，而琼脂糖是经过工艺去除琼脂果胶等杂质后取得的精制品。因而，琼脂糖纯度更高，电中性好，简直不带电荷基团，对生物大分子的非特异性吸赞同变性效果极低，是抱负的慵懒载体基质。琼脂则因含有带电杂质，简单在运用中引进布景搅扰。

  因为上述差异，两者的惯例用处天壤之别。琼脂大多数都用在微生物培养基的固化，作为固态基质载体。琼脂糖则因其高纯度和优异的凝胶特性，被大规模的运用于核酸凝胶电泳、蛋白质纯化层析以及制造微球载体等范畴。

  在亲和层析纯化深恶痛绝中，FLAG®肽标签系统因其高特异性、温文的洗脱条件（运用EDTA或低pH缓冲液，而非变性条件）而被大规模的运用。该系统的中心是将FLAG肽的对应抗体（如抗FLAG M2抗体）偶联到固相基质上，用以捕获交融表达FLAG标签的靶蛋白。一箭双雕琼脂糖作为这一纯化系统的基质，首要根据以下几个要害优势：

  1.优异的慵懒与低非特异性吸附：高纯度的琼脂糖简直不带电荷，其外表的羟基为亲水性基团。这种化学特性使得琼脂糖微球对大多数蛋白质、核酸等生物分子的非特异性结合极低。在纯化过程中，这能最大极限地削减杂蛋白的共纯化，确保取得高纯度的方针蛋白，布景洁净。

  2.杰出的物理化学安稳性：琼脂糖凝胶具有十分杰出的机械强度和化学安稳性。它能在较宽的pH规模（常用4-10）和多种缓冲液中坚持安稳，并能耐受低浓度的变性剂或去垢剂（用于裂解或洗刷）。其交联结构（如4%或6%琼脂糖）供给了多孔的网络，答应分子量较大的蛋白质复合物自在分散和结合。

  3.丰厚的活化基团便于偶联：琼脂糖珠（如Sepharose系列）外表富含羟基，可以终究靠溴化氰（CNBr）或环氧氯丙烷等办法来进行活化，便利与抗体、凝集素或其他配基进行共价偶联，制备成安稳的亲和介质。抗FLAG抗体正是经过此类化学办法被牢固地固定在琼脂糖珠上。

  4.可控的孔径与流速：不同浓度的琼脂糖凝胶具有不一样的孔径巨细，可根据方针蛋白的分子量做出合理的一箭双雕。其珠状形状在层析柱中装填均匀，能确保杰出的流速和分辨率，适用于从实验室小规模到生产规模的纯化流程。

  因而，以琼脂糖为基质的FLAG亲和凝胶（如Anti-FLAG M2 Affinity Gel）成为了高效、特异性纯化FLAG标签蛋白的首选东西。

  运用FLAG琼脂糖凝胶纯化蛋白是一个标准化的流程，首要包括以下几个过程：

  1.样品制备：将表达FLAG标签蛋白的细胞进行裂解，离心获取弄清的上清液作为待纯化样品。裂解缓冲液一般需包括蛋白酶抑制剂，并坚持中性pH及必定的盐浓度以削减非特异性结合。

  2.结合：将样品与预先平衡好的FLAG琼脂糖凝胶在4°C（或冰上）轻柔混合孵育一段时间（如1-2小时）。在此期间，FLAG标签蛋白会特异性地与凝胶上偶联的抗FLAG抗体结合，而杂蛋白则被扫除在外。

  3.洗刷：将凝胶-样品混合物转移至层析柱或运用离心法搜集凝胶。运用数倍柱体积的洗刷缓冲液（一般为TBS或PBS，pH 7.4）洗去未结合及非特异性结合的杂蛋白，直至流穿液的OD280值挨近基线.洗脱：选用竞赛性洗脱或条件性洗脱取得方针蛋白。最常用的办法是运用含有FLAG短肽（如3×FLAG肽）的缓冲液进行竞赛性洗脱，该肽段与交融蛋白的FLAG标签竞赛结合抗体，从而将方针蛋白温文地释放到溶液中。另一种办法是运用低pH（如甘氨酸-HCl缓冲液，pH 3.0）或高盐缓冲液进行洗脱，之后需当即中和以坚持蛋白活性。

  5.凝胶再生与保存：洗脱后的FLAG琼脂糖凝胶可经过低pH处理、高盐洗刷等办法去除残留的肽段或蛋白，再生后置于含有抗菌剂的贮存缓冲液中，于4°C保存，可重复运用屡次。